[論文寫作]常用連接詞

一、And 表示並列關係

(and)in addition/and/similarly/likewise/as well as/besides/furthermore/also/moreover/too/not only ... but/even/besides this/that

二、Sequence 顺序 (then) 

first/initially/second etc./to begin with/then/next/earlier/later/following this/that/afterwards

三、Consequence 结果 (so)

根據前面的結果，（連接詞）後開始下結論

as a result/thus/so/therefore/consequently/it follows that/thereby/eventually/in that case/admittedly

四、Contrast 語氣轉折 (but )

（連接詞）後，語氣發生轉折，通常連接詞後才是文章重點

however/on the other hand/despite/in spite of/though/although/but/on the contrary/otherwise/yet/instead of/rather/whereas/nonetheless/in contrast

五、Certainty 確定 (of course)

（連接詞）後，作者表示肯定

obviously/certainly/plainly/of course/undoubtedly

六、Condition 條件/ 因此 (if )

（連接詞）後面跟隨著某種情況發生的前提或是條件
if/unless/whether/provided that/Given that /for/so that/whether/depending on

七、Time 時間(when)

before/since/as/until/meanwhile/at the moment/when/whenever/as soon as/just as

八、Summary 總結 (in a word)

最後的總結

in conclusion/in summary/lastly/finally/to sum up/to conclude/to recapitulate /in short/in a word

九、Example 舉例  (for example)

for example/for instance/just as/in particular/such as/namely 也就是

十、Reason 原因 (because)

since/as/so/because (of)/due to/owing to/the reason why/in other words/leads to/cause

[實驗技術] 基因擴增技術

RT

PCR基本原理

PCR 常見問題與解決

Real time PCR [from the beginning]

絕對定量與相對定量（Absolute vs Relative quantification）

絕對定量分為兩種
1. Digital PCR method
不需要已知樣品，直接經由實際的PCR複製次數來決定基因表現量

2. Standard curve method
稀釋不同濃度的cDNA來建立濃度標準曲線，然後推斷受測樣品的相對濃度．
ex: 以10x系列（1, 0.1x, 0.01x ....）稀釋cDNA濃度，先進行qPCR反應，建立稀釋濃度與基因表現的標準曲線．之後受試樣品(在相同稀釋倍率下）進行qPCR，與標準曲線對照，求取基因表現差異．


相對定量
利用控制組的基因表現量做為基準線，分析受試樣品基因表現的變化量。
ex: 有興趣的是PPAR，就是比較控制組跟受試組的PPAR基因表現差異．

[論文寫作] approach, method, way, means

[資料來源：網路]

Method指做某件工作的固定模式，而且強調以效率和準確性為目的，是一種固定而且無需變化的方法。

Way指單一技巧或整個操作過程，指具有某種思路或風格的方法。對於方法或是過程本身是好是壞，不做任何評價。

Approach是学習或研究問题的方法，指解决某個具體問题所需要的各種步骤的統稱，一定是針對某個具體問題的解决方法

Means 是手段，与方法有些不同的意義。一般可以從是否公正、是否合理等方面去評估。比如by all means表示盡一切手段

搭配上的區分：


by means of(He went to school by means of taking a bus)

approach to＋n. /doing(the approach to the question)


資料的可信度 （由大到小）

Demonstrated>>indicated >>suggested

[論文寫作] 常用英文連接詞-Discussion討論

討論部分常用連接詞

Ａ. 提出自己觀點

1. 過去已有人提出的觀點： We confirm that
2.過去沒有人提過，但自己非常有信心：We believe that
3.最常用的,由結果而得到的結果：Results indicate, infer, suggest, imply that...
4.沒有信心或足夠證據的肯定：

①We tentatively put forward (interpret this to…)

②The results may be due to,  (caused by) attributed to resulted from…

③This is probably a consequence of…

④It seems that…can account for (interpret) this…

⑤It is possible that it stems from…

B.善用連接詞

常用的連接詞：
However, Also, In addition, Consequently, Afterward, Ｍoreover, Furthermore, further, although, unlike, in contrast, Similarly, Unfortunately, alternatively, parallel results, In order to, despite, For example, Compared with, other results, thus, therefore……

1. 敘述兩個觀點

AA put forward that…In contrast, BB believe or Unlike AA,
BB suggest or On the contrary (表明結論與前面不同)

2.只表明兩個對立觀點: 只用in contrast BB…

3.表明兩個觀點相近

可用AA suggest…Similarly, alternatively, BB…Or Also, BB or BB also does…

4.有因果或前後關係：可用Consequently, therefore, as a result…

5.表明更進一步的研究可用furthermore, further, moreover, in addition…

Ｃ 結論有缺失（不夠全面 或結果不好）

1 研究問題不夠全面

It should be noted that this study has examined only…
We concentrate (focus) on only…
We have to point out that we do not…
Some limitations of this study are


2 研究結果不足

The result
The results can not be used to determine (or be taken as evidence of)…
Unfortunately, we can not determine this from this data…
Our results are lack of…

3 可能采取的手段：

Not withstanding its limitation, this study does suggest…
However, these problems could be solved if we consider…
Despite its preliminary character, this study can clearly indicate…

[學術研究}AS47 Background

When?

J Biol Chem. 2002;277(25):22115-8.
A method to identify serine kinase substrates. Akt phosphorylates a novel adipocyte protein with a Rab GTPase-activating protein (GAP) domain.
Kane S1, Sano H, Liu SC, Asara JM, Lane WS, Garner CC, Lienhard GE.
---> it may be the Akt substrate by using wortmannin (Pi 3-kinase inhibitor)

Cell Signal. 2005 Jan;17(1):59-66.
Novel insulin-elicited phosphoproteins in adipocytes.
Gridley S1, Lane WS, Garner CW, Lienhard GE.
1.  AS47 mainly  express in the adipocytes
2. AS105 main express in muscle (quadriceps muscle)
3. During the differentiation, the amount of AS47 protein is increased
    From Day 2 to 8, After Day 8, the expression of AS47 is stable.

Biochem Biophys Res Commun. 2006 Apr 21;342(4):1218-22. Epub 2006 Feb 24.
The 47kDa Akt substrate associates with phosphodiesterase 3B and regulates its level in adipocytes.
Chavez JA1, Gridley S, Sano H, Lane WS, Lienhard GE.

1. Cyclic nucleotide phosphodiesterase (PDE) is an important regulator of the cellular concentrations of the second messengers cyclic AMP (cAMP) and cGMP.
2. Expression and localization as same as  AS47, insulin did not affect the association.
3. During the differentiation, the PDE3B expression as same as the AS47.

What?


With whom?

[論文寫作] 學術論文寫作之綱領

引言 （Introduction)

具體說明研究目的是最重要的（不是鋪陳一堆資訊）
要聚焦在好的問題（中心思想）才會引發讀者共鳴
此外要有足夠的立論基礎去說服讀者 
你的邏輯  你的切入點  是可以說服人的
讀者才會想要了解實驗設計  並對結果感興趣

結果與討論  （Results and discussion）

當在陳述實驗結果時，其實不要強迫讀者按照實驗的先後次序來了解實驗結果。
相反的 應該在每一段的第一句   寫下你想讓讀者記住的重點
專注在發生了什麼事，而不是你觀察了什麼？
每一段只放一個重點，串連起一個用來說服讀者的中心思想
強化整個故事的合理性
最後再把出乎意料之外的部分  做合理的討論

結論  The conclusion

在結論的部分，說出你最重要的貢獻
不要簡單(又再一次)摘錄已經在本文裡已經說過了部分（尤其是重複論述結果）
取而代之的用一個宏觀的角度解釋你的發現
尤其是在背景介紹（introduction）中企圖想解釋或分析的問題
是否在這個研究中都已經一一找到答案
其次是這一次研究結果所代表的意義   進一步可以提出所謂的成就與願景
成就：什麼東西在這個研究中被證實 或是排除了什麼可能性
願境：將來這個研究將朝什麼方向前進

結論越簡短越有力  不需要再多費力氣說明 （說太多 反而有畫蛇添足之感）

Discussion 具體內容應包含
A 本研究的成果
B 相關領域的研究進展
C 差異性（Before and After）（正反兩面）
D 研究的意義（成就與未來性）

[實驗技術]實驗室常用試劑原理與配方

Sodium dodecyl sulfate (SDS)
SDS為界面活性劑會破壞蛋白質的二級結構使其變性，並包覆變性蛋白質，使其帶有一致的負電荷（大約每兩個胺基酸一個SDS）和一致的形狀（長條形）。如果沒有SDS使其負電荷一致，可能會使有相近分子量的蛋白質，分布於不同的位置，此種電泳法為原態膠體電泳（Native-PAGE）。進行電泳時，分子量較小的較容易落下，相反的分子量較大的則卡在起點附近。雖然較大的電壓可以縮短實驗的時間，卻會得到較模糊的結果，因此實驗長達數個小時。

Dithiothreitol(DTT)
DTT的用途之一是作為巰基化DNA的還原劑和去保護劑。巰基化DNA末端硫原子在溶液中趨向於形成二聚體，特別是在存在氧氣的情況下。這種二聚化大大降低了一些偶聯反應實驗（如DNA在生物感應器中的固定）的效率；而在DNA溶液中加入DTT，反應一段時間後除去，就可以降低DNA的二聚化。

DTT也常常被用於蛋白質中二硫鍵的還原，可用於阻止蛋白質中的半胱氨酸之間所形成的蛋白質分子內或分子間二硫鍵。但DTT往往無法還原包埋於蛋白質結構內部（溶劑不可及）的二硫鍵，這類二硫鍵的還原常常需要先將蛋白質變性（高溫加熱或加入變性劑，如6M 鹽酸胍、8M 尿素或1% SDS）。反之，根據DTT存在情況下，二硫鍵還原速度的不同，可以判斷其包埋程度的深淺。

由於容易被空氣氧化，因此DTT的穩定性較差；但冷凍保存或在惰性氣體中處理能夠延長它的使用壽命。由於質子化的硫的親核性較低，隨著pH值的降低，DTT的有效還原性也隨之降低；而Tris(2-carboxyethyl)phosphine HCl（TCEP鹽酸鹽）可以作為低pH值條件下DTT的替代品，而且也比DTT更為穩定。

[論文寫作] Aim, goal, purpose, end, object, objective

Ａim,goal,purpose,end,target,object,objective   這些名词均有“目標、目的”之意。

寫作時，要注意區分語意：



Aim : 表示你有計畫要完成特定目標（具體而明確的），通常是指短期目標



Goal:通常是指球賽或比賽的得分，使用時表示是經過思考跟考慮後  努ㄌ奮鬥才能達到的目標。



Purpose:通常有一個具體的理由跟原因促使你想要去完成某個目標時，會使用Purpose

例如因為觀察到某個天然物可能具有治療疾病的功效，因此你想要企圖去了解他的作用機轉  （但實際上的結果會怎樣？其實你無法預期）



End: 比較強調的是結果 而非過程



Target: 原意是只用武器攻擊的目標，文章中則常用於被攻擊或批評的對象



Objet and Objective: 比較偏重因事實或證據而設定的目標

[實驗技術]免疫沉降

免疫沈澱的技巧紀錄

1.Lysis buffer 

利用RIPA buffer(細胞核內蛋白)或NP40 buffer (一般性蛋白)的改良版，根據蛋白結合力，小心選擇detergent, 要先行參考相關文獻

看實驗的目的。除了基本的蛋白酶抑制劑外，加入一些磷酸酶抑制劑如Sodium vanadate用來抑制 tyrosine protein phosphatase，Sodim fluoride用來抑制Serine/Threonine protein phosphatase

RIPA buffer的缺點是其中含有SDS，蛋白可能部分變形，蛋白間的互相作用可能也被破壞。所以用RIPA之前你需要確定你所需要的蛋白不受這些因素影響。co-IP是不能用RIPA了。

NP40 buffer不會有這種蛋白變性的問題，但是同時往往會產生很多背景信號。

NP40 buffer中NaCl的基本濃度是150mM，可以根據標的蛋白彼此間的結合力來調整

彼此間結合力太弱  可以增加NaCl的濃度(300 mM）  但這樣一來有可能增加不必要的訊號（其他的蛋白也跟著沈降下來）

2.為什麼要加EDTA和EGTA？

EDTA和EGTA都是金屬螯合劑，EDTA對Mg2+離子作用比較強，EGTA對Ca2+作用比較強，他們往往被描述為metalloprotease inhibitors，但其實他們還有另一個更重要的作用，那就是阻止Mg2+磷酸化反應和Ca2++以來去磷酸化反應。

3.用什麼緩衝液

緩衝液主要是Tris、Phosphate和HEPES，三者中緩衝能力屬Tris最差，Phosphate比較適合pH值靠近7左右的，Tris和HEPES適合靠近8左右的。Phosphate還有phosphatase inhibitor的作用。Tris差歸差，但是當buffer中要加入Ca2++和Mg2++等離子的時候，那用Tris還算合理，因為這些離子會沈澱phosphate。

4.要不要加DTT？

DTT作為還原劑，可以破壞二硫鍵。一般在裂解液中可以加1mM的DTT來防止由於細胞裂解後新暴露出來的蛋白之間產生二硫鍵。對原來就存在的二硫鍵影響好像不大。但是IP中要使用抗體IgG，IgG可是有二硫鍵呀，所以還是會擔心DTT的存在不利於IP的效果，我一般選擇不加。

5.細胞裂解和IP是否需要在4度的cold room裡面做？

在室溫做的缺點在於會產生很多不希望發生的反應，雖然我們加了很多的inhibtor，但是在室溫中有的還是會發生，你無法預測。

細胞裂解我一般室溫做，然後放到到冰上，做IP抗體和beads的孵育一般在cold room中。

6.IP  incubation 的時間

原則上 初級抗體一小時以上 

Beads （Protein G or Protein A）一小時就足夠了  

具體上還要看IP時用的抗體以及標的蛋白容不容易降解  需要自己調整到最佳狀態

不過通常過度表現的蛋白(overexpression, 1mg/mL TCL)  應該在兩個小時內（primary Ab : 1.5 h, beads 30 min）就可以結束了  時間太長  可能訊號會過強 或是雜訊變多

7.清洗的問題

清洗的目的是在不減少目標信號的同時，減少背景信號，。

A，高速離心裂解液，可以到20000g左右，離心半小時到一小時，取上清。

B，Beads Prewash : 在裂解液中加IgG和Beads，或者只加Beads，孵育半小時左右，然後離心取上清。目的是把與IgG和Beads非特異性的結合蛋白都去除。

8.結果不如預期

考慮蛋白結合是否是在特殊的環境  例如 serum free 或是特殊刺激下的結合

其次   如果是內生性蛋白  增加Total  cell lysate量來做免疫沈降是最好的解決方法  

再來   看 primary Ab 究竟結合效率好不好  如果是自製血清導致抗體結合蛋白不專一  可以考慮精製抗體

最後  就是要調整Incubation Time (Primary Ab incubation time)

[實驗技術] 油紅實驗 （Oil red O staining）

Oil red O staining （12 well -scale, Collagen coated plate）

Preparation

1.   99% isopropanol and 60% isopropanol

2.   Sterilised PBS buffer 500 mL

3.  4% paraformaldehyde (PFA) in PBS buffer, pH 7.4 (FRESH MADE)

4.   Oil red O solution

A.       (Stock): 300 mg oil red O powder in 100 mL 99% isopropanol 

        ( stable for one year ) >>>3 mg/mL

B.       (Working): 30 mL stock Oil red o solution: 20 mL deionized water (DW)

(stable for only for two hours, FRESH MADE) >>> Final conc.1.8 mg/mL 

Process

1.    PBS 1 mL/ well wash x 2, washing gently and voiding the cell floating.

2.    Aspirate the PBS

3.    Add 4% PFA 1 mL/ well, incubation at room temperature for 1 hour

4.    Transfer PFA to PFA waste bottle

5.    Add PBS 1 mL/well x 1

6.    Add 60% isopropanol 1 mL/well for 10 mins

7.    Aspirate 60% isopropanol

8.    Add Oil red O working solution 1 mL/ well, and incubation for 10 min (If it is possible, put the plate on the Microplate shaker, slowly)

9.    Aspirate Oil red O working solution, and wash with PBS x1 or until the waste is clear

10. Elute Oil red O by adding 100 % isopropanol 1 mL/well

11. Incubation for 30 min at room temperature

12.Transfer 200 uL of each well to 96 well plate for analysis

13. Measure OD at 500 nm ( Blank: 100 % isopropanol)